Поместив HTML, XML, SVG и т.д. и т.п. файл на домене usercontent.google.com можно
манипулировать куками домена google.com и фишить. Поэтому пользовательский контент всегда отдается с отдельных sandbox-доменов.
Так же с отдельных доменов обычно отдается статический контент, это позволяет использовать CDN и упрощает управление кэшированием.
Отдельный домен обычно используется для PTR-записей (например 1e100.net). Для PTR часто нужна двойная валидация, т.е. PTR должна разрешаться в имя и имя обратно в тот же IP. При этом на одном IP может хоститься много доменов и быть установлено много сертификатов, включая вайлдкарды. И наоборот, один домен может хоститься на многих IP. Чтобы исключить прямое обращение к хосту по "неожиданному" для него имени в своем домене, обычно используются PTR записи в нейтральном домене. Кстати исторически принято использовать именно домены в .net. Google так же использует 1e100.net как нейтральный домен для подписи транзитных писем, раньше для этого использовался собственно домен google.com и это приводило к забавному багу, позволявшему подделывать подписи на письмах от google.com, я рассказывал о нем на PHDays 2014.
Географические домены исторически используют для организации региональных датацентов и ускорения доступа, например yahoo.jp физически расположен в Японии.
