Я бы посоветовал Вам сначала упаковать все эти файлы в zip архив (ибо один большой файл будет переноситься гораздо быстрее, чем 100k маленьких), а затем через ssh соединиться с первым сервером, а затем с него соединиться по ftp с новым сервером и начать копирование архива. С помощью screen можете поставить этот процесс на самостоятельное выполнение, чтоб не держать Ваш компьютер включенным длительное время.
