Второй вариант. Точнее даже beta.domain.com будет работать только временно. После завершения тестирования домен beta будет удален, а шаблон поставлен на основной domain.com.
В итоге:
1. Все ссылки на beta.domain.com делаем rel="noindex nofollow"
2. На beta.domain.com в robots.txt ставим флаг noindex
3. Сanonical'ы не пишем нигде