Предположим дано - диски sda и sdb, зазделы sda1 и sdb1 в md1, sda2 и sdb2 в md2, sda3 и sdb3 в md3
Процедура видится так -
1. umount /home && mkdir /mnt/home && mount /dev/md3 /mnt/home
2. cp -rp /mnt/home/* /home
3.
удаляем массив md3
4. помечаем один диск в массиве md2 как сбойный и удаляем его из массива
link (предположим sdb2)
5. правим fstab на монтирование корня системы с sdb2
6. удаляем раздел, который участвовал в md3 - sdb3 и
делаем resize раздела sdb2 до нужного размера
7. ребутаемся
8. удаляем массив md2, линк выше
9. удаляем раздел sda3 и двигаем раздел sda2 до точного соответствия разделу sdb2
10.
Создаём заново массив md2 и правим fstab на монтирование корня с md2
11. Профит
Но предварительно я бы "потренировался на кошках"