Как запретить изменять и добавлять файлы на сервере?

Если залили шелл разве хтасесс и права на папки помогут?

Как разделить сайты на одном сервере для безопасности?

Спасибо. Нет, я не занимаюсь их пиаром)

Как разделить сайты на одном сервере для безопасности?

Спасибо. Для второго варианта эти подойдут? https://ru-tld.ru/