Почему pytest не видит модули с тестами в сборке на teamCity?

Нет. По шаблону для py.test должно быть примерно так

class TestSome:
   def __init__(self):
        <Описываем конструктор>
        pass
    def test_some_test(self):
        pass

Почему pytest не видит модули с тестами в сборке на teamCity?

Да, если судить по логу, то "Пропавшие" тесты не запускались от слова совсем