@messages = Message.where("user_id = :user or recipient_id = :user", {user: user.id})

В общем прошло 8 месяцев с момента постановки вопроса. Где-то месяц назад кончилось терпение и написал в техподдержку Хетзнера по поводу проблем.

Попросил провести диагностику винтов и посмотреть почему происходили падения сервера.
Через час после начала диагностики тех.поддержка разродилась.

Написали что винты в порядке. И они обновили биос на материнке. И как по волшебству все прекратилось. Прошел уже месяц и ни одного падения.