Здравствуйте! Спасибо за ответ! Глупых вопросов не бывает =) Абсолютно уверен, что сайт до этого редактировался всегда через файловый менеджер и через один и тот же путь... Хостеру написал, пробую так же с ними разобраться и понять в чем дело...
Проблему получилось временно решить бэкапом, но она снова появилась и сайт также вернулся к старой версии, есть подозрение, что вирус или что-то подобное...