Trello + расширение для него: Plus For Trello

Плюсы Trello здесь уже довольно подробно описали, и на самом деле, перепробовав в десяток разных систем, однозначно выбрал его за сочетание простоты и гибкости. Есть не менее простые типа BaseCamp или уже помянутого здесь (не к ночи)) Teamer, но они очень сильно проигрывают в гибкости, т.е. ограничивают возможности, которые в более-менее серьезном проекте чаще всего нужны. С другой стороны есть много сложных либо в развертывании, либо в освоении систем, написанных "чужими для хищников", с которым больше времени уйдёт на то, чтобы заставить всю команду в них разобраться (особенно если не все в ней - гики), чем экономится от их использования (не буду показывать пальцем, чтобы не усиливать холивар, все, кто уже вляпался в такие хоть раз, знают о чем я)).

Ещё одна важная фича Trello, о которой здесь ещё не было сказано - отличная официальная мобильная версия (по крайней мере для Android, iOS лично не пробовал).

Ну а Plus For Trello делает из Trello вообще конфетку. Изначально это расширение для Chrome, которое добавляет трекинг времени, отчеты и множество разных удобных и полезных фишек. Сделано очень удобно, так что к обычному использованию Trello добавляется совсем немного простых действий, а на выходе получается куча новых возможностей. Мне из них больше всего нравятся отчеты и Burn-down графики с фильтрацией по всему что угодно и группировкой. Можно отслеживать оценочное, использованное и оставшеся время по каждой задаче или юзеру или тегу или в целом по проекту и т.д.
При этом всё это бесплатно, открыто, с локализацией и очень быстро развивается и поддерживается (обновления раз в 1-2 недели).
Есть ещё приложение для Android, которое пока отстает по функционалу от расширения, но также развивается.