При открытии приложения из места встраивания в обработчик улетает $_REQUEST, в котором лежат параметры PLACEMENT => CRM_DEAL_LIST_MENU (место встраивания) и PLACEMENT_OPTION => {"ID":"123"} (id элемента).
Если один раз закрыть - больше не должен вылетать. НО потом опять выпрыгивает когда какая-нибудь конференция. Реально бесит.
У нас норм закрывается (тариф команда).
Это надо обращаться либо к админу, либо к внедренцам: тут рассмотрено несколько возможных причин и решений.
Еще нажмите f12 и кликните на кнопку прикрепления файла, есть ли какая-нибудь ошибка в консоли?