Иван Пантелеев

Вопрос решился путём написания вот такого кода:

//Replacing relative path to absolute, coz wkhtmltopdf do not work with relative path
$input = preg_replace('!(?<=src\=\")(.+)(?=\"(\s|\/\>))!', USER_ROOT.'$1', $input);
$input = preg_replace('#url\((?!\s*[\'"]?//)\s*([\'"])?#', 'url($1'.USER_ROOT, $input);

он подменяет относительные пути в картинках и css ссылках на абсолютные. Мою проблему это решило.