Ошибка говорит о том, что php-fmp на может найти файл, который вы просите запустить.
Вообще если отследить прохождения запроса по вашему конфигу, то получается примерно следующие:
1. пришел запрос, пусть даже /
2. try_files такой файл не находит и отправляет его в @rewriteapp;
3. @rewriteapp отправляет нас на адрес /app.php//
4. теперь после реврайта мы попадаем в location и тут указываем, что
SCRIPT_FILENAME = var/www/test.lan/public_html/app.php//
вот этот адрес php-fmp и не находит.
p.s. вы уверены, что хотели указать относительный адрес в директиве root?
В php-fmp он тоже приходит как относительный, и я вот так сразу ни скажу, корень у него сейчас текущая директория или какая другая.
