ну, первое что приходит в голову - создание таксономии для рейсов
можно с помощью custom fields сделать таблицу - Место отправления и Цена
и получится три точки: Питер - МСК - НН, каждый со своей ценой
и если правильно понял, то получится
Питер - 0
МСК - 1500
НН - 3000
исходя из этого можно работать