а при подключении phpStorm к удалённому серверу он синхронизирут файлы автоматически и на сервер они приходят не из git-а, а как бы заливаются отдельно по FTP
Сдается мне, друг ваш - рукожоп. И PhpStorm к этой его проблеме отношения не имеет. GIt он и есть git, причем тут IDE.
Если сразу не сделать git reset --hard то эти файлы могут спутаться с публичными страницами которые периодически правят контент-менеджеры и SEO-шники прям на бою.
А почему бы это вынести в интерфейс админки? Этож контент. Или в другой механизм, не под гитом.