у них есть сносное апи где можно получать callback на входящие транзакции - от этого события уже и плясать — проверять сумму назначение/коментарий/сообщение только обратите внимание на то что при оплате через приложение Яндекс.Деньги и веб-интерфейс комментарий к переводу в первом случае фиксированный и предзаполнен, и в апи нужно смотреть уже не его, а «сообщение»