YaRobot

Сущность: users
Сущность: roles

сущность roles
id, user_id, name
Соответственно роли ссылаются на конкретного пользователя, через roles.user_id -> users.id
(или наоборот, если у пользователя только одна роль может быть)

Опционально:
Можно добавить еще сущность roles_permissions, которая будет ссылаться на roles.role_id
А данные id, name_perm

Не знаю если честно.
Но как мне кажется, не стоит связывать.
Да и зачем у вас категории в адресе на материал?
Вы ведь API делаете. Пускайте в фильтре или заголовком.

Допустим GET /api/v1/articles?fq['category']=1 (ну или в заголовке)
Получаем все статьи из категории. Если без фильтра, то получаем вообще все статьи.
Можно конечно и переработать структуру.
Маршруты делайте как удобно, а модели и иже с ними, логично располагать.

Мне все равно какой роут у нас в проекте. Если мне надо что то поменять, я и так знаю где искать.
К примеру мне надо изменить модель статей (с переводом в лару).
Domain/Model/Article/ArticleModel.php (это если домен делать, ну или оставить App )

UPD:
У нас принято в конце каждого файла, давать название, что он делает.
App/Request/Article/ArticleRequest.php
App/Model/Article/ArticleModel.php
App/Model/Article/ArticleCategoryModel.php