4X_Pro

Вариант 1. Проверить, что нет ошибок в конфиге:
apache2ctl -t
Вариант 2. Посмотреть логи и статус службы:
tail /var/log/apache2/error.log
journalctl -xu apache2.service
Вариант 3. Запустить вручную из консоли в отладочном режиме: apache2 -X, чтобы все ошибки выводились в консоль.

Batlab совершенно верно ответил выше, что на VDS ресурсы процессора распределяются через виртуализацию, и они ограничены тарифным планом, но зато гарантированы каждому клиенту.
На хостинге распределение идет иначе — все ресурсы сервера могут использоваться всеми клиентами. Поэтому если тестировать хостинг в тот момент, когда он слабо загружен (скажем, ночью с субботы на воскресенье), то результаты на нем будут лучше. Но в те моменты, когда на хостинге растет нагрузка от других клиентов, эффект будет обратный: сайт будет работать медленнее, чем на VDS (хотя еще многое зависит от самого хостера).
Еще для корректного сравнения нужно брать и там и там одну и ту же версию PHP (на такие синтетические тесты, как у вас, она влияет очень сильно). А на тест с файлом будет сильно влиять дисковый кеш.

Если у вас VDS, то по умолчанию логи Apache, скорее всего, включены и лежат где-нибудь в /var/log/apache2 или /var/log/httpd. Если обычный хостинг, то скорее всего, в каталоге /logs в корне.
Но по ним можно увидеть только тот php-файл, который запускался напрямую, а подключаемые через include/require там не появятся. Если нужно отслеживать и их тоже, то воспользуйтесь функцией get_included_files(), и допишите в конец каждого из вызываемых скриптов код, который будет писать список подключенных файлов в лог.
Код примерно такой:

$files = join(',',get_included_files())."\n";
$fh = fopen('php.log','a');
if ($fh) fputs($fh,$files);
fclose($fh);