Мне кажется первое выглядит опрятнее, но минусы такого решения: настройка Apache для name-based hosting, нужен доступ к DNS, долгое обновление DNS зоны site.com.
Второе легче реализуемо (нет временных затрат на обновление DNS). Ссылки можно делать относительные (как в PHP — не знаю).