XCemaXX

Обычно удобно пользоваться моделью памяти, в которой все сегментные регистры указывают в одно место. И если пишешь загрузчик, рекомендуют сегментные регистры инициализировать в самом начале. Какое именно значение сегмента выбрать -- 0 или 0x7c0 не имеет большой разницы. sp можно инициализировать так:

start:
....
mov sp, start + 512 + 1024

это будет работать правильно для любого выбранного org и соответствующим образом инициализированного ss.
Например:

org 0x7c00
start:
mov ax, 0
mov ss, ax
mov sp, start + 512 + 1024

mov ax, 0x060 ;(1024+512)/16=96=60h адрес стека после загрузчика в сегментах
mov ss, ax ;установка адреса сегмента стека
mov sp, 1024 ;установка указателя стека

непонятно, почему ты решил записать в ss 0x60 а в sp -- 1024. Если ты хотел чтобы сегмент стека указывал на его дно, то должно было получиться (0x7c00 + 512) / 16 = 0x7e0.

add ax, 0x060 ;адрес стека после загрузчика в сегментах 0x07C0+0x060

и опять логика непонятна.

ни как не выбирает. выбирает компилятор, в соответствии с параметрами целевой платформы. после компиляции ни какого выбора не происходит. следует учесть что платформы типа .Net, JVM, node.js и браузеры, позволяют писать относительно переносимые программы (и то с ограничениями), но сами виртуальны машины/движки, все равно реализованы под свою платформу на этапе компиляции, и даже могут иметь существенные отличия не только в опциях компилирования, но и в исходном коде для разных платформ

upd

Программа, написанная и скомпилированная один раз, может выполняться на процессорах с разными наборами инструкций и на разных версиях Windows.

такая программа использует не все инструкции процессора, а только гарантированно совместимый набор инструкций. в случае игр, или ПО для проектирования, в комплект поставки могут входить наборы dll(если мы говорим о винде, или другие способы разбиения на модули), оптимизированных для разных наборов инструкций на этапе компиляции, в том числе для для использования GPU, для достижения максимального быстродействия. в этом случае, какой модуль можно использовать, определяет опять же не вся

вычислительная система

а головная программа (та что на универсальном наборе инструкций). и все это происходит ни коим образом не автоматически, а закладывается на этапе проектирования и реализуется в программном коде. хотя для определения типа процессора и набора инструкций, уже давно существуют стандартизированные api, обычно на уровне ОС