Я так-же как и Вы маялся с установкой....
Мой способ решения:
- Поместить php-cs-fixer.phar (cs.sensiolabs.org/) в папку C:\Users\имя_пользователя_пк\AppData\Roaming\Composer\vendor\fabpot\php-cs-fixer
- Установить atom-beautify
- В настройках atom-beautify (строка PHP - PHP-CS-Fixer Path) указать путь до патча: C:\Users\имя_пользователя_пк\AppData\Roaming\Composer\vendor\fabpot\php-cs-fixer\php-cs-fixer.phar
- Установить php-cs-fixer
- В настройках php-cs-fixer (PHP-CS-Fixer Path) указать такой-же путь как в пункте 3
- Проверить все пути в меню File-Config (они должны совпадать с пунктом 3 и 5)