1. самая распространенная проблема — плохой код.
нарушение стандартов, отсутствие необходимых параметров и прочие баги воспринимаются браузером нормально, но результат не всегда соответствует ожиданиям. И когда такой багнутый код доводят до нужного вида в одном браузере — в других конечно же все по-другому.
хороший код как правило одинаков или почти одинаков во всех брузерах.
IE хороший показатель — он практически ничего из ошибок не прощает и корежит кривую верстку.
2. мелкие несоответствия — отступы, иногда отсутствие или разное поведение для значений.
решается хорошим reset.css, но все равно доставляет в случае непростой верстки
3. тупо баги.
IE со своим margin, bold/background и ненаследованием размерностей тут лидирует, но и остальные доставляют постоянно.
решается хаками.
