Wott

Это точно можно назвать предварительной оптимизацией :)

Почему вы считаете что это ненормально? Сдвинуть нумерацию для всех последующих строк — один ненапряжный запрос.
Сколько нагрузки дадут все эти методы «оптимизации» по сравнению со сдвигом?
Как часто происходит перенумерация по сравнению с обычной выборкой? Может не стоит вообще заморачиваться с тем что происходит крайне редко?
Насколько усложнит и замедлит частые операции выборки дополнительные методы «оптимизации» редкой и ненагружаемой операции?

ММ, может у меня своя спцифика — много клиентов со своими сайтами, но я предпочитаю phpmyadmin что локально что на сайтах…

Наблюдайте за глабальными status параметрами и разбирайтесь что там не так. Есть скрипты, помогающие в этом — mysqlreport и tuning-primer.sh — легко гугляться.

Обычно замедляют MyISAM блокировки и temp disk tables, может быть мало места под индексы и прочее, могут быть лимиты по файловым дескрипторам.

Если не владеете темой — запустите упомянутые скрипты и внимательно разбирайтесь с тем что они скажут. Потом, если с памятью нет проблем, можно существенно увеличить возможные узкие места, если есть — ужать те что не используются… в общем это непростой итеративный процесс оптимизации :)

Надо смотреть блокировки в mysql и iostat и вообще что там может быть с диском связано.
А вообще как-то странно видеть MyISAM для таблиц в которые часто пишут.

SQL не умеет менять сразу две строки одновременно, значить через третье значение.