WitER

В базе у Codeigniter отсутствуют привычные для пользователей orm связи и orm как таковая.
Для получения связанных записей вы должны реализовать это поведение на уровне энтити или модели(для фильтрации списка пользователей по ролям, например).
Так же вы можете воспользоваться пакетом tatter/relations.

Если мы говорим об актуальном codeigniter 4, то корневым каталогом для вашего хоста должен быть его каталог public.
Лучше всего настройте отдельный виртуальный хост и укажите его document_root- ом каталог public из установленной версии CI.
Пример конфига для Apache можете найти тут