Нужно было создать объект анонимного типа чтобы в CategoryId можно было прописать значение, при этом само поле CategoryId создавать не нужно, модель остаётся той же
builder.Entity<Category>().HasData(new Entities.Category
{
Id = new Guid("309035C6-9489-41CA-A395-717243880814"),
Url = "default",
H1 = "По умолчанию"
});
builder.Entity<Entities.Service>().HasData(new
{
Id = new Guid("666599D8-EAC4-4F43-9F15-B7063C583B76"),
Url = "usluga-1",
H1 = "Услуга 1",
CategoryId = new Guid("309035C6-9489-41CA-A395-717243880814")
});