Ну, я вижу два вменяемых варианта:
Первый:
У жинкса есть модуль перла, он чуть ли не дефолтовый. Прям в конфиге можно сделать exec нужного скрипта. --with-http_perl_module вам поможет.
Второй вариант — вообще смак. Сделать наш башскрипт демоном. И пинать его по протоколу CGI.
Вопрос в другом — не будет ли это все security hole?
