Wexter

Отдавайте статику nginx'ом, нет смысла проксировать к apache для этого

смотрите загрузку дисков

iostat -x -m 1

смотрите загрузку процессора/потребление памяти в htop
смотрите как устроен сам сервер ws, возможно его архитектура недостаточно хороша для одновременной работы большого числа клиентов и требуется пересмотреть её.
если нагрузка по памяти/процессору достаточно низкая то есть смысл поднять несколько процессов ws на одном сервере и проксировать ко всем через nginx

Валидация домена идёт по 80 порту, пробрасывайте 80 порт на сервер и тогда всё будет работать.

location ^~ /admin {
      index index.php;
      root /home/user/Sites/project/;
      try_files $uri $uri/ /admin/index.php;
    }

location ^~ /api/v1/auth {
    proxy_pass http://127.0.0.1:8000;
    include proxy_params;
}
location ^~ /api/v1/catalog {
    proxy_pass http://127.0.0.1:8001;
    include proxy_params;
}