Такая же беда возникла. Разница между сайтами в доменах, имени пользователя, группы и в способе загрузки. На первый сайт загружал все через ftp, на второй через sftp. Остальное полностью идентично, конфиги создавались скриптом, никаких различий совершенно.
Через sftp русские имена файлов побились(несколько штук, не критично) и на этом все что пока заметил. Т.е. неверно записались имена файлов и не работает mod-rewrite, но это не должно быть связано, куда копать пока не представляю.
Все аналогичные действия многократно повторялись под debian 6, никаких проблем не возникало. Этот сервер под debian 7.