Alex Clean

Сам нашел ответ. Position absolute вырывал из потока белый блок, потому при переполнении и центровки, он вылетал за границу верхнего окна. Решилась проблема легко. Заместо устаревшего absolute, использовать на родителя display: flex, а на потомка margin: auto. Возможно, можно и сделать с помощью justify content, align items

Решил вопрос следующим образом:

<header class="header">
    <nav class="header__nav nav">
      <div class="container nav__container">
        <a href="#" class="nav__logo logo"><img src="img/main/logo.svg" alt="Логотип" width="137" height="70"></a>
        <ul class="nav__list">
          <li class="nav__item">
            <a href="#" class="nav__link">Магазин</a>
          </li>
          <li class="nav__item">
            <a href="#" class="nav__link">Новости</a>
          </li>
          <li class="nav__item">
            <a href="#" class="nav__link">Контакты</a>
          </li>
          <li class="nav__item">
            <a href="#" class="nav__link">Войти</a>
          </li>
        </ul>
      </div>
    </nav>
  </header>

И Css

.nav {
  position: relative;
  min-height: 55px;

  background-color: #fff;
}

.nav__logo {
  position: absolute;
  left: 50%;

  transform: translateX(-50%);
}

.nav__list {
  display: flex; 
  flex-wrap: wrap;
}

.nav__item {
  width: 150px;
  margin-right: 90px;
  text-align: center;
}

.nav__item:nth-child(3) {
  margin-left: 240px;
}

.nav__item:nth-child(4), 
.nav__item:last-child {
  margin-right: 0;
}

.nav__link {
  display: block;
  padding: 17px 26px;
}

Таким образом, 3 элемент всегда дает отступ от логотипа и даже если появляются новые элементы, они переносятся, не нарушая каскад. Сайт с фиксированными размерами, без адаптации, потому без проблем вроде как