и не лень каждый раз на проде сборщик запускать? если можно результат закомитить и при выкладке будет просто git pull
<IfModule mod_rewrite.c>
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !/bitrix/urlrewrite.php$
RewriteRule ^(.*)$ /bitrix/urlrewrite.php [L]
RewriteRule .* - [E=REMOTE_USER:%{HTTP:Authorization}]
</IfModule>
<?php
require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php");
//Ваш код
require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/epilog_after.php");
Тут еще надо понимать, что может изменить контент-менеджер. Просто текст или настройки компонента. Если просто текст, то можно создать папку include, в которой хранить файлы с обычным текстом и подключать его в нужных местах, который и будет менять КМ и завести эту папку в .gitignore. А вот если КМ меняет настройки компонента, то мы должны их видеть в любом случае т.к. это настройки напрямую влияют на результат работы кода.