Валерий Селицкий

Проверьте «Настройки» — «Расширенные» — «Контроль доступа других программ...» на наличие приложений, юзающих Skype API. Удалите, по необходимости.

Истории былинные:
Кто-то из имеющих доступ к ftp словил троянца.
Кто-то сохранивший авторизационные данные в ftp-клиенте допустил утечку (например снова словил троянца или расшарил Program Files в сеть)