Вирус может записать что-то в эту виртуальную папку, что потом может быть запущено уже в основной системе. Поэтому, для полной уверенности, можно переносить ваше "подозрительное" на виртуальный диск виртуальной машины, а затем отключать сетевые папки, и не подключать их снова, пока не будет 100% уверенности в безопасности виртуальной системы.
В большинстве случаев это перестраховка, но для большей уверенности она не повредит.