Сергей Водаков

const speedCoefficient = 0.0001;
Константа нигде не используется, поэтому ее изменение ни на что не влияет.
Если в функции animate(time)

molecules.forEach((molecule) => {
      molecule.position += molecule.speed * delta;

Заменить на:

molecules.forEach((molecule) => {
      molecule.position += molecule.speed * delta * speedCoefficient;

То все станет медленнее, и толщина кольца уменьшится.
при speedCoefficient = 1 будет так, как до изменения.