Попробуйте прописать в gemfile конкретную версию sqlite3 (Например: gem 'sqlite3', '~> 1.3.6') и запустите bundle install.
И проверьте, точно ли никакая версия sqlite3 не установлена ($ sqlite3 -v). Если установлена, то удалите указав версию.
У меня с 1.4.0 не хотел работать.
