Не все программы могут работать в таком режиме. Все зависит от кривизны рук разработчиков.
Например, если софтина открывает какой-либо файл, находящийся в своем каталоге, в монопольном режиме, то вторая копия этой же программы, запущенная на этом же компе уже не сможет работать.
Так же возможно путь установки жестко прошит в коде и она именно там ищет какие-либо файлы.
Путь, прошитый в exe можно аккуратно поменять, на что-нибудь другое, но такой же длины с помощью HEX редактора.
Отследить другие причины можно с помощью программ входящих в Sysinternals Suite (можно взять на сайте микрософта бесплатно). С помощью этих утилит можно посмотреть, к каким файлам обращается программа при запуске, к каким ключам реестра.
Даже если в софте проблемы с монопольным доступом к каким-то файлам остается вариант, когда сама софтина находится на сетевых дисках, а нужные файлы раскидываются по раб.станциям.
