Роман

Если Physics.Raycast вернул false, то "Raycast ни во что не врезался".

В вашем коде надо у первого if добавить else блок, и там напить обработку этого случая.
Но без дублирования кода будет проще после isWorkThat = true; добавить return;, а содержимое else блока перенести в конец функции после всех if.

требуется подсвечивать текущий элемент

с помощью события нажания

Лучше не делать таких не явных предположений о текущем элементе, кнопка может быть нажата, но из-за каких-то внутренних условий "текущесть" может не измениться.
Лучше завести во вью модели флаг о том что он текущий и по нему подсвечивать. Проще всего в той же, для которой ItemTemplate с кнопкой написан.

Но если хочется более чистого кода, то можно через RelativeSource вылезти во внешнюю вью модель и сделать проверку через мультибининг с конвертером

<MultiBinding Converter="{StaticResource IsEqualsConverter}">
    <Binding />
    <Binding RelativeSource="{RelativeSource Mode=FindAncestor, AncestorType={x:Type ToolBar}}" Path="DataContext.CurrentElement" />
</MultiBinding>

Если вдруг под подсветить вы имеете в виде не что-то своё хитрое, а фокус, то можно использовать экстеншен с attached dependency property для установки фокуса. В этом случае для определения первого элемента поможет {RelativeSource Mode=PreviousData} - у первого элемента он будет {x:Null}

Чтобы ловить события мыши вне элемента этот элемент должен захватить мышь через Mouse.Capture. Захват надо не забыть отменить когда он уже не актуален, иначе другие элементы не смогут получать события мыши.

IEqualityComparer<T> используется в коде с обобщениями (generics).
Например, он используется для ключей в Dictionary или для сравнения (Equals) элементов в ValueTuple.
Если бы в Dictionary использовали object.Equals, а не IEqualityComparer<T>, то при сравнении ключей-структур постоянно бы происходил боксинг, что не очень эффективно. (У простых структур всё-равно будет боксинг, чтобы его не было надо реализовать IEquatable).

Когда у вас уже известен тип большого смысле использовать IEqualityComparer<T> мало, есть более лаконичные вариант для Equals и GetHashCode.

Почему это поле не передается через, передается null
CommandParameter="{Binding ElementName=selfUserControl,Path=Points, Mode=OneWay}">, selfUserControl x:Name элемента.

Проперти Points должен быть public

Находил примеры, там везде свойство ItemsSource, но такого свойства нету у Canvas

Надо использовать ItemsControl, у которого как раз есть ItemsSource, а Canvas использовать как панель для этого ItemsControl через ItemsPanel

// [][] 4865
// [,]  5192
// []   4852

int[] - простейший массив, в памяти лежит линейно.
Работает за счёт IL инструкций (newarr, ldelem, ...), которые могут лучше оптимизировать jit компилятором

int[,] - многомерный массив, в памяти лежит также линейно как int[].
Работает через вызовы методов, а так же за счёт не популярности работает на общем коде с массивами где первый элемент может быть не по индексу 0. Соответственно, для доставания элементов требуется дополнительная математика и проверки.

int[][] - массив массивов, в памяти линейно лежат ссылки на линейно лежащие строки.
Работает медленнее int[] потому что требуется доступ к другим участкам памяти (строкам).

Если было бы больше контекста, то можно было бы что-то увереннее советовать. По этому куску кода можно дать только такие комментарии (считая что Get* методы и итераторы не имеют сайд эффектов):

var someItems = _someService.GetList();
foreach (var item in someItems) // item внутри не используется, можно убрать этот foreach
{
    var additionalItems = _additionItemsSerivce.GetList();
    foreach (var additionalItem in additionalItems)
    {
        var properties = additionalItem.Properties;
        foreach (var property in properties)
        {
            property.First = true;
            property.First = true; // зачем делать одно и тоже два раза?
            _additionItemsSerivce.UpdateProperies(additionalItem); // property не используется, значит можно вынести за этот foreach
        }
    }
}

Если по этим комментариям убрать лишнее, получится что-то такое:

var additionalItems = _additionItemsSerivce.GetList();
foreach (var additionalItem in additionalItems)
{
    var properties = additionalItem.Properties;
    foreach (var property in properties)
        property.First = true;
    
    _additionItemsSerivce.UpdateProperies(additionalItem);
}

Так же странно что все проперти у вас получают флаг First, возможно вместо foreach по properties стоит получить только первый элемент и ему установить First = true.

$"..." - синтаксический сахар для get_node("...").

В C# это так будет:

private Node node;

public override void _Ready()
{
    node = GetNode<Node>("../Node");
}

Вот так выглядит File.OpenRead:

public static FileStream OpenRead(string path)
{
   return new FileStream(path, FileMode.Open, FileAccess.Read, FileShare.Read);
}

А так конструктор с двумя параметрами для FileStream:

internal const FileShare DefaultShare = FileShare.Read;

public FileStream(string path, FileMode mode)
    : this(path, mode, mode == FileMode.Append ? FileAccess.Write : FileAccess.ReadWrite, DefaultShare, DefaultBufferSize, DefaultIsAsync) {}

Собственно главная разница в переданном FileAccess. В случае OpenRead файл открывается только для чтения, а в случае FileStream и на чтение и на запись. Переданный FileShare позволяет только читать файл из нескольких мест, и при открытии с FileAccess.ReadWrite как раз получается ваша проблема (т.к. оно хочет ещё и писать в файл).

Всегда можно написать функцию для поиска разницы:

(int, char, char) FindFirstDifference(string a, string b)
{
    var length = Math.Min(a.Length, b.Length);
    for (int i = 0; i < length; i++) 
    {
        if (a[i] != b[i])
            return (i, a[i], b[i]);
    }

    if (a.Length == b.Length)
        return (-1, '\0', '\0');

    return (length, a.Length == length ? '\0' : a[length], b.Length == length ? '\0' : b[length]);
}

В теории могут быть визуально похожие unicode символы, но в вашем случае они просто разные.