тут можно только посоветовать или читать о highload структурах, или нанять специалиста(ов), потому что всё очень индивидуально, и тема слишком широкая, чтобы сказать - делай так.

эклипс

права +х должны быть на все верхние папки от корня

Практика показала, что после переноса сайта на площадку в Германию, нашим клиентам с ростелекомом стало очень печально. Сайт мог грузиться, мог не грузиться, мог грузиться за секунды, мог - за полчаса... Так что наверно стоит мух от котлет отделять. .ru-в России, .com - в забугорье. Я не говорю за всю Россию, но имхо.

есть у винды офигительнаая штука - политики. о них почему-то мало кто знает, ещё меньше пользуют, ещё меньше - пользуют грамотно. в общем, это разруливается политиками, пишете политики для разных групп, пихаете туда пользователей, и в мире красота и порядок.
под рукой нет машины с виндой, алилуйя, наконец-то от них избавился, но в общем gpedit.msc и гугл в помощь.