Сервисы в четверке по умолчанию приватные и к ним нет доступа через контейнер. Инъекция FOS\UserBundle\Model\UserManagerInterface в конструктор или метод нужного класса решит проблему
private $manager;
public function __construct(UserManagerInterface $manager)
{
$this->manager = $manager;
}
public function fooMethod(User $user): void
{
$this->manager->updateUser($user);
}