Добрый день, Станислав!
На Windows с git не работал, но очень активно использую его на Linux. Если вопрос еще актуален, давайте попробуем разобраться. Я не очень понял суть проблемы. Что есть корень репы и что есть домашний каталог пользователя?
Файл .gitignor должен лежать в директории, за файлами в которой следит git. Такие же файлы могу лежать во вложенных директориях (для более гибких настроек игнорирования).
Возможно, у Windows есть специфические правила работы git. Если так, думаю, мы сможем их найти и в них разобраться.
