В целом - создать несколько схем. Обычно работает примерно такая последовательность действий:
0. Начать с пустой глобальной схемы.
1. Внести в неё только названия таблиц. Разделить таблицы на основные бизнес-сущности, элементы агрегатов, справочники, таблицы связи и т. п. Чёткого алгоритма нет, интуитивно всё, глядя не только на схемы таблиц, но и на сами данные (если за пять лет работы в таблице 10 значений, то скорее всего это справочник), приложение, статистику СУБД и т. д.
2. Добавить в таблицы на схеме первичные и внешние ключи. Очень поможет, если есть основания полагать, что все внешние ключи реализованы средствами СУБД.
3. Сгруппировать таблицы по "модулям" (группам с предположительно схожей функциональностью), основной критерий группировки - внешние связи. В идеале на каждую группу должна быть одна внешняя связь от другой группы. Исключение - сквозные для приложения модули типа "Система разграничения прав" и(или) "Система аудита", ссылки на которые или из которых есть практически в каждой таблице.
4. Для каждого выявленного модуля (включая сквозные) создать отдельную схему, перенося с глобальной все вспомогательные таблицы модулей.
5. Детализировать по мере необходимости, если анализ делается для себя. Сразу, если для внешнего потребления.