Не совсем прямой ответ на вопрос, скорее обход проблемы
>Не хочу писать это прямо в Foo.class.php, т.к. движок периодически обновляется, и трогать его «родные» файлы — это как-то не айс.
Нормальные VCS вполне обычно справляются с добавлением пары строк в автоматическом режиме. Сам сейчас работаю над форком одного открытого проекта. Проект на SVN, я работаю в Mercurial(hg) — за месяц было где-то 40 обновлений оригинала — ручное вмешательство в процесс объединения правок оригинала и моих понадобился только один раз и то по какому-то пустяку типа я поменял дефолтный цвет на свой, а они потом поменяли дефолтный и hg не сообразил какой оставить.
Если же оригинальный движок вы используете как библиотеку, то есть его вообще не трогаете, а инклудите его файлы в свой, то вместо форка можно сделать субрепозиторий. А после того как добавите комменты, так ещё послать их авторам оригинального движка, может добавят и проблема исчезнет :)