Можно хранить настройки пользователей (хоть сам файл sqlite, если шаринга данных между пользователями не требуется) в каталоге os.path.join(site.getuserbase(), 'appname'), но в винде это не совсем нативно выглядит. Вот платформонезависимого решения как получить путь к дефолтным настройкам не знаю. Наверное, всё же, следует анализировать платформу (отличия, как минимум, *nix, WinNT <6.0 и >=6.0) и хранить настройки и вообще данные в соответствии с гайдами ОС.