Только для комментариев (или других однотипных объектов, объединённых в иерархию), имхо, не стоит, только безосновательно увеличит сложность — когда надо будет поменять структуру, тогда и поменяете, может вообще не понадобится, а может понадобится сделать одновременно несколько иерархий.
Другое дело, если в иерархию объединены разнородные объекты, или один объект может входить в разные иерархии — тут однозначно (если не стоит вопрос денормализации с целью увеличения производительности) объекты отдельно, иерархии отдельно, может ещё и метаданные имеет смысл вынести. А вообще для иерархий имеет смысл, имхо, посмотреть в сторону NoSQL.