Как оказалось - все просто, бот написан под какую то старую версию telegram-bot, что не указывалось в requirements..
Удалось решить проблему даунгрейдив до 11 версии в pycharm. Осталось придумать, как поставить старую версию на VM с убунтой.
В поисках решения натыкался на схожие проблемы, которые оставались не решенными - можно попробовать актуализировать код под 12, пример на
github 
