Александр

У тебя у двух слайдах указано одно и то же имя класса. Попробуй так:
- для первого:

<div class="flex-container"><div class="flexslider">

- для второго:

<div class="flex-container"><div class="flexslider1">

- JavaScript:

$(document).ready(function () {
$('.flexslider').flexslider({animation: 'fade',controlsContainer: '.flexslider'});
$('.flexslider1').flexslider({animation: 'fade',controlsContainer: '.flexslider1'});
});

если у блоков фиксированные размеры, то можно так jsfiddle.net/DelphinPRO/qsw81eya