профиль без юзера существовать не может, а вот юзер без профиля - может
$user = new User();
$this->em->persist($user);
$profile = new Profile($user);
$this->em->persist($profile);
$this->em->flush();
$id = $user->getId();
$this->em->clear();
$profile = $this->em->getRepository('App\Entity\Profile')->find($id);
dump($profile, $profile->getUser());