Почитал немного документации и решил методом научного тыка провести эксперимент и задачу решил. Оказалось, что в рамках одного .ini файла с настройками можно указать 2 раза запуск celery.
Отдельные настройки можно выполнить в строке запуска сельдерея.
[uwsgi]
master = true
http-socket = 0.0.0.0:8000
chdir = /app/mapping
smart-attach-daemon = celery_worker/long.pid celery -A flask_rest.celery worker -Q long -E -n worker_long --concurrency=3 --pidfile celery_worker/long.pid
smart-attach-daemon = celery_worker/short.pid celery -A flask_rest.celery worker -Q short -E -n worker_short --concurrency=1 --pidfile celery_worker/short.pid
touch-reload = uwsgi_prod.ini
workers = 4
processes = 2
chmod-socket = 777
wsgi-file = run.py
callable = app
task_acks_late = True
task_track_started = True
daemonize = uwsgi_prod.log
CELERYD_MAX_TASKS_PER_CHILD = 1
CELERY_CREATE_MISSING_QUEUES = True
как то так...