Андрей

один порт может слушать только один веб-сервер..

если корректная настройка сервера по каким-то причинам невозможна - дополните приложение так, чтобы оно с адреса /index.php/about перекидывало на /about со статусом 301.

потому что регулярке .* соответствует любой url

я бы сам php скрипт от root'а запускал, и всех дел.
пользователя apache/www-data добавлять в sudoers - это оч.плохая идея...

bash, который читает лог ошибок.
как только находит там следы 502 или 504 ошибок - рестартует апач.

RewriteRule (.*) www.site.ru [R=301,L]

они никогда не заработают, ну либо ты получишь большие проблемы с безопасностью...
в html пути нужно прописывать от корня сайта.

в логах ошибок что написано?

в гугле много инструкций по настройке nginx + php-fpm.

а нужен ли вообще апач?

как вариант - в .htaccess переопределить заголовки с данными ос, версией php и т.п.

бекэндом проверять ip пользователя, отправляя код ответа 401 для внешних пользователей

а этот обмен на апач нельзя в обход nginx запустить?

совсем один апач - скорее инертность (все давно разворачивается одной командой). про .htaccess уже писали выше.
а так, апач неплох как сервер динамики, хотя тренд последнего времени - FastCGI и т.п. технологии, проксируемые nginx