Это баг - при выборе 125%, всё равно врубается 200%.
Решение - ставите приложение Tweaks из софтвер центра (Ubuntu Software Center). Там заходите в Fonts (Шрифты) и в самом низу Scaling factor (Масштаб) ставите на 1,25. Меняется размер не только шрифта, но и большинства элементов интерфейса. И совсем не надо разрешение экрана уменьшать.
