PHP тут совсем не при чем, вы же сами пишите, что нужно чтобы отработал javascript на странице, используйте решения исполняющие javascript: Selenium, PhantomJS или что-то вроде этого.
Либо, возьмите запрос, который делает ajax, отправляйте его из PHP и обрабатывайте ответ.