Хм..в общем ответ нашел сам. Может кому в будущем пригодится. Суть в том что необходимо немного переписать компонент умного фильтра. Для начала ID результатов поиска заносим в глобальную переменную $GLOBALS["arIdst"]. Далее редактируем файл component.php в catalog.smat.filter(естественно, сначала переместить компонент в свою папку дабы не затерся при обновлении). Находим такую строчку
$rsElements = CIBlockElement::GetPropertyValues($this->IBLOCK_ID, $arElementFilter, false, array('ID' => $this->arResult["PROPERTY_ID_LIST"]));
У меня это 127 строка. и вместо $arElementFilter указываем $GLOBALS["arIdst"] , т.е. строка примет вид
$rsElements = CIBlockElement::GetPropertyValues($this->IBLOCK_ID, $GLOBALS["arIdst"], false, array('ID' => $this->arResult["PROPERTY_ID_LIST"]));
Аналогично делаем для цены
$rsElements = CIBlockElement::GetList(array(), $arElementFilter, false, false, $arSelect); (227 строка) заменяем на
$rsElements = CIBlockElement::GetList(array(), $GLOBALS["arIdst"], false, false, $arSelect);